Licenciado en Periodismo por la Universidad de Navarra, inició su carrera periodística y radiofónica en Radio Popular de San Sebastián, de la que fue director, continuando en Radio San Sebastián. Posteriormente fue nombrado director de la SER en Sevilla, marchando a Madrid como director de los servicios informativos de esta cadena, y ocupando un tiempo después el mismo cargo en TVE. Volvió nuevamente a la SER y alcanzó gran éxito con el programa Hoy por hoy. Años más tarde fue presentador de Noticias Cuatro y de un informativo en CNN+. Desde 2011 participa en el diario El País y en la Cadena SER con el vídeo-blog La voz de Iñaki, en el que da su opinión sobre las noticias actuales. También organiza y presenta el espacio de debate y opinión de Prisa Radio Encuentros POR.
Autor de varios libros, ha entrevistado a presidentes del gobierno español, líderes políticos y personalidades internacionales, escritores, investigadores, actores, directores de cine, cantantes y protagonistas de la actualidad. Es doctor honoris causa por las universidades Rey Juan Carlos y de Valencia. Gabilondo es uno de los periodistas con más prestigio en nuestro país y también de los más premiados. En 2011 fue galardonado con el Premio Anastasio de Gracia-FITEL.
